En su primera temporada en la máxima categoría, la 03/04, el Autos Lobelle de Santiago FS mantiene el bloque del ascenso y realiza un fichaje de renombre, Alemao , procedente del campeón de Europa Playas de Castellón y se asienta rápidamente entre la élite del fútbol sala nacional, manteniendo sus posibilidades de clasificarse para el play off por el título hasta el final de temporada. El punto álgido de esta primera temporada llegó con la organización de la Copa de España. La afición de Santiago demostró encontrarse entre las mejores de la Liga y, junto con una organización excelente, la Copa de España 2004 consigue convertirse en un evento a la altura que representa. El Lobelle participó por primera vez en esta competición como organizador pero cayó en la primera eliminatoria de cuartos ante el DKV Zaragoza. Aun así en la memoria quedará la imagen de un Multiusos Fontes do Sar lleno hasta la bandera, hecho que asombró a todo el país.
La temporada 04/05 significó un punto de inflexión en la entidad, en ella se instauraba un nuevo y ambicioso proyecto deportivo, con José Venancio López Ferro a la cabeza, un entrenador de enorme prestigio y gran palmarés, que llegó al club para dotarlo de la competitividad necesaria, que le permitiera relacionarse con los equipos más fuertes de la categoría, acompañado de jugadores con experiencia como César, ganador de títulos en Caja Segovia o el portero Toni Lodeiro y un brasileiro que va a empezar a demostrar ser uno de los mejores pívots del mundo, Betao; también destaca la llegada de Diego Giustozzi, un gran cierre. En esta temporada el equipo se clasifica por méritos propios para la Copa de España celebrada en Navarra, superando por primera vez los cuartos de final del torneo, eliminando nada más y nada menos que al poderoso Elpozo Murcia con 2-5 en el marcador. Después de dar la sorpresa, en semifinales cae eliminado en la prórroga con un gol de oro (4-3) por el que sería campeón, el Interviú Boomerang. Ya en Liga, tras un espectacular inicio, el equipo sufre un pequeño bache que no le impide clasificarse por primera vez en su historia para el Play Off por el título. En cuartos de final se enfrentaría de nuevo al campeón, el Interviú Boomerang. El A.Lobelle de Santiago FS culminaba así la que fue una de sus mejores temporadas a lo largo de su dilatada historia.
